二十世(shi)纪初的(de)日本太(tai)正时代(dai)，自明治(zhi)维新以来的文明开化已(yi)进行了(le)五(wu)十余年(nian)。
　　随着西(xi)洋文(wen)化和日本(ben)传统(tong)文化的交汇融合，帝都(dou)·东(dong)京逐渐成为现代化建筑鳞(lin)次栉比，蒸汽(qi)铁(tie)道、地下铁(tie)道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的(de)繁华都(dou)市。然而，这也(ye)是一座(zuo)有着(zhe)怪物和(he)咒术等非(fei)现(xian)实存在(zai)的魔幻都市。
　　为了对抗从地底出(chu)现的强大(da)魔物“降魔”，陆(lu)军成(cheng)立了由(you)将校(xiao)中的灵能者组成的特殊部队——对降(jiang)魔部队(dui)，成员即“二刀(dao)二剑(jian)”的4位继承者：米田一基，持有(you) “神刀·灭却”；山崎真之(zhi)介，持有“光(guang)刀·无形”；藤(teng)枝菖蒲，持有“神剑·白羽鸟(niao)”；真宫寺一(yi)马，持有(you)“灵剑·荒鹰”。四人(ren)仅凭自己的血肉之躯和手中的神(shen)剑与魔物作战，史称“降魔战(zhan)争(zheng)”。激(ji)战的(de)结果，陷(xian)入绝境的对降魔部队被(bei)迫(po)使出最后的手段(duan)——利用“魔神器(qi)”发动“破邪之(zhi)血”。魔神器即(ji)日本上古(gu)时代(dai)流传下来(lai)的三种祭(ji)器：剑、珠、玉，可(ke)以成(cheng)为魔力(li)的增幅器(qi)。继(ji)承真宫(gong)寺(si)家“破邪之(zhi)血”的一(yi)马，以(yi)自己的生命为代价用魔神器(qi)将降魔们封(feng)印，而山崎真之介(jie)也在此(ci)战中失(shi)踪……
　　太正十一年，以妖(yao)僧天海为首的(de)邪恶组(zu)织“黑之巢会”蠢(chun)蠢欲动。仇视近(jin)代文明的天(tian)海为(wei)了(le)复辟德(de)川幕府的(de)统治(zhi)，率领手下的死(si)天王葵叉丹(dan)、弥勒、修罗(luo)、罗刹，操(cao)纵着利用(yong)古代咒(zhou)法生出(chu)的魔物——魔(mo)操机兵在(zai)帝都展开了破坏活动。为(wei)了对抗(kang)这新的威(wei)胁、守护帝都和民众，在花(hua)小路(lu)伯(bo)爵的大力支(zhi)持下，新的(de)政府直属对降魔组织——帝国华击团(tuan)（简称“帝击”）·花组(zu)成立(li)了。在米田(tian)一(yi)基、藤(teng)枝(zhi)菖蒲(pu)的领导下，花组集结(jie)了6名具备高灵(ling)力(li)的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑(jian)·荒鹰的继承者(zhe)真宫寺樱(ying)；神崎财(cai)阀总帅忠义(yi)的孙女、精通神崎风尘(chen)流长刀术的神崎堇；俄国革命的(de)勇士(shi)、曾(ceng)有“食火(huo)鸟”之(zhi)称(cheng)的(de)玛丽(li)亚·橘；自(zi)幼就因超常的灵(ling)力被(bei)与世(shi)隔绝、年(nian)仅(jin)10岁的法国贵族千金爱(ai)丽丝；在辛亥革命的战乱中失去亲人(ren)、精通(tong)机械的中(zhong)国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近 2米(mi)的桐岛神奈。同时(shi)，基于山崎真之介(jie)留下(xia)的设计，由神(shen)崎重(chong)工(gong)完成了对降魔(mo)用灵子甲(jia)胄“光(guang)武”。以银(yin)座大帝国剧(ju)场为基地、平日以歌剧团面目出现来掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为(wei)守护帝都(dou)的(de)战士(shi)，驾驶光武与敌人作战(zhan)。
　　太正十二年(nian)春，苦于战(zhan)力及协(xie)作性不足的花组来了一位(wei)新队长——海军少尉大神一(yi)郎，《樱(ying)花大战》的故(gu)事也就从这里开(kai)始了……