远古之神"大蛇"企图灭(mie)世，因(yin)而产生(sheng)了两位救世(shi)巫女。两位(wei)巫女经由不停地(di)轮回转(zhuan)世(shi)，相遇后以(yi)两人之力(li)封印住大蛇。而原本只是普通高中(zhong)生、却为(wei)"日之巫(wu)女“转世(shi)的来栖(qi)川(chuan)姬子(zi)以及"月之巫(wu)女"的转世(shi)姬(ji)宫(gong)千歌音，为了再次封印大蛇(she)，不得(de)不(bu)想办法(fa)召唤传说(shuo)中的剑(jian)神"天之丛云(yun)"。大蛇(she)的八个仆(pu)人们(人性的八个黑暗面)为阻止两人召(zhao)唤天之丛云，而屡(lv)次对她们发动袭击(ji)；这时，原本应该是"大蛇"之一、排名(ming)顺序(xu)七的大神相(xiang)马因为(wei)暗恋姬子已(yi)久(jiu)，而背叛了大蛇的意志，屡(lv)次地拯救她们(men)，但却又(you)引发了另一场风波(bo)。不停轮回(hui)的两人，无法分离的命运，这是身为“神无月(yue)之巫(wu)女(nv)”的(de)命(ming)运。