ある日、沖(chong)縄の海(hai)に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬(shun)く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解(jie)決の為の生体浄化(hua)システムとして生み出(chu)したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。
　　エリアス姉妹は地球(qiu)の危機を察知して石垣島へ飛(fei)ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾(shi)リングから宝がある事を悟った本土(tu)からの密猟者と、ゴーゴを保護(hu)した地元の少(shao)女たちがいた。エリアス姉(zi)妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説(shui)を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹(mei)と対立する黒(hei)い妖(yao)精ベルベラと密猟者(zhe)はそれぞれ組んで海へ出る。
　　ゴーゴの手引(yin)きでニライカナイの遺跡(ji)であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃(qing)、石(shi)垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召(zhao)喚して戦(zhan)いを挑む。ダガーラとモスラは石(shi)垣島から西(xi)表島まで空中戦を繰り広(guang)げ、遺跡(ji)のピラミッド付近(jin)で海中戦となり、モスラは海(hai)での戦(zhan)いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付(fu)かせ、モスラは戦闘不能(neng)に陥った。エリアスは必死(si)にモスラに取り付いたベーレムを剥(bao)がそうと試みるが、あまりにも沢山付(fu)いているため、全くきりがない。絶(jue)体(ti)絶(jue)命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見(jian)は急務となった。
　　遺跡(ji)の中のトラップをくぐり抜(ba)けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王(wang)女(nv)の立(li)体(ti)映像から「ゴーゴが宝の主として少(shao)女(nv) = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲(xi)撃してきた! 崩(beng)壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水(shui)」の力により、取り付(fu)いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再(zai)戦する。さっきまでの状況とは一変し、今(jin)度(du)はモスラが優(you)位に立った。ダガーラが再び海中に潜(qian)った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底(di)に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体(ti)内(nei)から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共(gong)に消滅(mie)。モスラも海から出てきた後、元(yuan)の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。